プランを途中で変更した場合の請求はどのようになりますか？

プランを途中で変更(アップグレード/ダウングレード)した場合、Shopifyアプリ請求ルールに準ずる形となります。

Mikawaya Upsellアプリでは、新しい請求額がすぐに適用されるため、基本的に価格の差と請求サイクルの残りの日数に基づいて料金が分割されます。

参照：

アプリ料金

定期的なアプリ料金、アプリのアンインストール、アプリの請求サイクル、利用料金、日割り、アップグレード、ダウングレードについてご確認ください。

https://help.shopify.com/ja/manual/your-account/manage-billing/your-invoice/apps#app-prorating-upgrades-downgrades