Mikawaya Upsellアプリの請求(ストア側)はどのように行われますか？

Shopifyの請求サイクルに準ずる形となります。

Mikawaya側から請求が行われるのではなく、Shopifyを経由して請求が発生いたします。

サイクルは「30日ごと」のため各月の日数によっては前後する場合もございます。

※Shopifyの請求日（締日）はストア様ごとで異なりますので、ご注意ください

参照：

アプリ料金

定期的なアプリ料金、アプリのアンインストール、アプリの請求サイクル、利用料金、日割り、アップグレード、ダウングレードについてご確認ください。

https://help.shopify.com/ja/manual/your-account/manage-billing/your-invoice/apps